โครงการมะดีนะตุสสลาม (ปัตตานีจายา) เป็นโครงการที่เริ่มจากแนวคิดจะขยายกิจของมหาวิทยาลัยฟาฎอนี พร้อมๆ แนวคิดในพัฒนาและยกระดับ สังคมและชุมชน เป็นการสร้างเมืองพัฒนาอย่างครอบคลุมหลายๆ ด้าน ศูนย์ธุรกิจ เช่น ศาสนา สังคม การศึกษา สุขภาพ เศรษฐกิจ เป็นต้น ตั้งอยู่ใกล้เมืองปัตตานี บนเนื้อที่จำนวน 1,300 ไร่
โครงการนี้เริ่มตั้งแต่ ปี 2553 โดยการสนับสนุนทางการเงินของธนาคารอิสลามแห่งประเทศไทย เพื่อจัดซื้อที่ดิน จนถึงปัจจุบันมีการพัฒนามีความคืบหน้าระดับหนึ่ง
วากัฟ
จากแนวคิดในการที่จะสร้างความมั่นคงของโครงการมะดีนะตุสลามในระยะยาวและประชาชนและชุมชนมีส่วนร่วมและมีความรู้สึกเป็นเจ้าของนั้น มหาวิทยาลัยจึงกำหนดในรงณรงค์การวากัฟ จึงจัดให้กิจกรรมระดมเงินทุนวากัฟหลายรูปแบบ เช่นเปิดบูธรับบริจาคตามงาน และกิจกรรมต่างๆ โครงการวากัฟเดือนรอมฎอน (WAQAF Ramadan) ผ่านช่องทางออนไลน์ มหกรรมวากัฟ ความดีที่ไม่สิ้นสุด (WAQAF Festival) โดยยึดหลักว่าส่งเสริมให้คนทำความดี บริหารเงินวากัฟอย่างมีอามานะฮ เป็นระบบ โปร่งใสและตรวจสอบได้ และที่สำคัญให้คนในพื้นที่และคนที่รับรู้โครงการอยากสนับสนุนและมีความรู้สึกเป็นเจ้าของอีกด้วย จนถึงปัจจุบันได้รับเงินวากัฟแล้วจำนวน
เพื่อชำระหนี้และปลอดจำนองธนาคาร และซื้อที่ดินในโครงการส่วนที่เหลือ
