เริ่มต้นตั้งแต่ปี 2010 โดยบริษัท ปัตตานี จายา โฮลดิ้ง จำกัด ได้ยืมเงินของส่วนบุคคลและสหกรณ์อิสลามในประเทศไทยจำนวนหนี่งเพื่อมัดจำซื้อที่ดิน หลังจากนั้นบริษัทได้รับอนุมัติสินเชื่อจากธนาคารอิสลามแห่งประเทศไทยเพื่อซื้อที่ดิน ในวงเงิน 600 ล้านบาท จนถึงปี 2015 โครงการได้เบิกเงินสินเชื่อจำนวน 580 ล้านบาท ได้ซื้อที่ดินแล้วทั้งสิ้นจำนวน 1,134 ไร่
โครงการเริ่มต้นมีปัญหาตั้งแต่การอนุมัติสินเชื่อเพื่อซื้อที่ดิน จำนวน 600 ล้านบาท เพื่อดำเนินการจัดซื้อที่ดิน แต่ธนาคารไม่อนุมัติสินเชื่อเพื่อเป็นทุนสำหรับการพัฒนาที่ดินตามแผนธุรกิจ ซึ่งตามแผนโครงการจะพัฒนาที่ดินเขตที่อยู่อาศัยและธุรกิจ ประมาณ 500 ไร่ เพื่อสร้างรายได้ชำระหนี้ธนาคารทั้งหมด และดินที่เหลืออีกจำนวน 800 ไร่ จะเป็นที่ดินวากัฟ ซึ่งเป็นศาสนาสมบัติ สามารถไปใช้ประโยขน์ต่างๆได้ เมื่อสินเชื่อสำหรับการพัฒนาไม่อนุมัติ โครงการเริ่มมีปัญหาอันเนื่องจากทุนตั้งแต่นั้นมา
มหาวิทยาลัยได้พยายามดำเนินการพัฒนาโครงการมะดีนะตุสลามโดยใช้เงินทุนจากสหกรณ์อิสลามในประเทศไทย แต่สหกรณ์ก็มีข้อจำกัดในวงเงินและต้นทุนทางการเงินสูง อย่างไรก็ตามโครงการก็ได้พัฒนาระดับหนึ่ง ที่สำคัญ เช่น พัฒนาสร้างที่อยู่อาศัย จัดสรรขายที่ดิน การสร้างห้างปัตตานีอาเซียนมอลล์ และการก่อสร้างอาคารโรงพยาบาล ขนาด 133 เตียง ซึ่งได้รับงบประมาณสนับสนุนจากประเทศกาตาร์ และได้เตรียมพื้นที่ก่อสร้างอิสลามมิกเซ็นเตอร์ ได้รับอนุมัติงบประมาณสนับสนุนจากประเทศซาอุดิอาระเบีย ซึ่งทำให้โครงการมะดีนะตุสลามคืบหน้า เป็นที่รู้จักในประเทศไทยและต่างประเทศ ทั้งเป็นการเพิ่มมูลค่าต่อโครงการซึ่งในปัจจุบันมีมูลค่าประมาณ 5,000 ล้านบาท จนมีรายได้สามารถชำระหนี้ธนาคารบางส่วนแล้ว โดยที่ผ่านมาได้ชำระธนาคารแล้วจำนวน 320,424,044 ล้านบาท (สามร้อยยี่สิบล้านสี่แสนสองหมื่นสี่พันสี่สิบสี่บาท) ปัจจุบันสัญญาการใช้สินเชื่อจากธนาคารได้พ้นกำหนดและได้รับอนุมัติให้ทำสัญญาปรับโครงสร้างหนี้ เป็นครั้งที่ 3 แล้ว แต่ยังไม่สามารถปฏิบัติตามสัญญาได้ เนื่องจากสภาวะเศรษฐกิจตกต่ำ สถานการณ์การแพร่ระบาดของเชื้อไวรัสโควิด-19 และสถานการณ์ไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ประกอบกับเงื่อนไขตามสัญญาปรับโครงสร้างหนี้ธนาคารเป็นภาระมาก คือ คิดอัตรากำไร 8.5 % ต่อปี ต้องชำระหนี้ในแต่ละปี ไม่ตำกว่า 150 ล้านบาท และต้องชำระกำไรที่พักแขวนเกิดขี้นก่อนจำนวนมาก เมื่อมีชำระหนี้แล้วเงินต้นจะลดเพียงเล็กน้อย
จนถึงปัจจุบันธนาคารอิสลามแห่งประเทศไทยได้ยื่นฟ้องบริษัทปัตตานีจายาโฮลดิ้ง จำกัด ผู้ใช้สินเชื่อ และฟ้อง รศ.ดร.อิสมาอีลลุตฟี จะปะกียา ผู้ค่ำประกัน มียอดต้องชำระจำนวน 873,223,912.00 บาท แยกเป็นเงินต้น จำนวน 490,762,459.00 บาท และเงินกำไรจำนวน 382,461,453 บาท ศาลได้พิจารณาแล้วในวันที่ 19 ธันวาคม 2022 ซี่งในเบื้องต้นศาลได้แนะนำให้มีการเจรจากับธนาคาร
สำหรับแนวทางการเจรจรนั้นเพื่อไม่ให้เป็นภาระในอนาคตควรจะต่อรองกับธนาคาร โดยชำระหนี้เงินต้นทั้งหมด จำนวน 490,762,459.00 บาท และยกเว้นเงินกำไรให้มากที่สุด สำหรับแนวทางในการเงินในการจะชำระ ทางมหาวิทยาลัยได้พยายามหาดังต่อไปนี้
- ขอใช้สินเชื่อกอรดุนฮะซัน จากธนาคาร IDB โดยจะชำระคืนภายใน 10 ปี
- ขอความอนุเคราะห์จากองค์กรหรือบุคคลตามความเหมาะสม
- แบ่งขายที่ดินบางส่วน